אגף איכות והסמכה מספק שירותי התעדה למערכות ניהול איכות,  בטיחות, סביבה ותחומים ייחודיים, במטרה לקדם את איכות הניהול, המוצרים, השירותים וההון האנושי ולשפר את כושר התחרות ואיכות החיים במדינה. בנוסף, מספק האגף שירותי תפעול של מערכת תו תקן המתעידה מוצרים ותהליכים באמצעות ועדת ההיתרים.

המחזיקים באישורים של המכון ואישורים של מערכות הניהול שלהם, נהנים מיתרון שיווקי וניהולי.
עורכי המבדקים הם בעלי השכלה וניסיון בתחומי הנדסה, כלכלה, איכות הסביבה, תוכנה וחומרה, בטיחות, כימיה, חקלאות ,מינהל ציבורי, מיקרוביולוגיה ועוד. התמחויות אלה מאפשרות מתן מענה לתחומי ידע הנרחבים הנדרשים בתהליכי ההתעדה וההסמכה.